После продолжительных плясок с бубном удалось добыть инфу с флешки...
Вирус создал папу с названием ".." и переместил папки в нее.
Для операционки две точки это системная команда, обозначающая переход в корень диска. Поэтому перейти в эту папку средствами самой операционки не возможно.
Помогла программка восстановления стертых файлов "Easy Recovery" в режиме "Advansed Recovery". Она нашла все папки внутри папки "..". Для восстановления я ей указал один из своих дисков, на котором создал специальную папку для копирования "F:/123/".
Все что было в других папках и файлы восстановилось в указанную папку, а то что было в папке ".." восстановилось в корень диска "F:".
Будьте внимательны! Указывайте для восстановления не диск, а папку на диске. Иначе неизвестно куда программа закинет ваши данные из папки "..".